Según hemos podido conocer gracias a un avance realizado por la web allaboutgames.co.uk , la trama del juego comenzará en un picnic en el que Sonic y sus amigos están celebrando el 20 cumpleaños del erizo, pero será interrumpido por una misteriosa fuerza oscura que enviará al pasado a todos los participantes, incluyendo al mismísimo erizo azul. Este tendrá que encontrar la manera de devolver al presente a todos sus amigos, y por el camino se encontrará con multitud de caras conocidas de su pasado, incluyéndose a si mismo mucho mas jóven (y algo mas gordito). Los dos sonic tienen que unir fuerzas para salvar a sus amigos una vez más.

Según un comentario aparecido en lo foros de la comunidad de Gamespot, en el manga de Sonic Generations se podría estar revelando la trama del juego, como ya hicieran los mangas de Sonic Unleashed y Sonic Colors.

Según el manga, Sonic Generations tiene lugar 5 años después del final de Sonic Colors. Esos 5 años han sido tranquilos. Sonic está celebrando su 20º cumpleaños con sus amigos cuando ocurre algo y de repente se encuentra con sí mismo del pasado.

Pero no es esto lo más interesante, sino algo que él manda a dejar caer pero no se llega a desvelar de momento. Según insinúa el autor del post de Gamespot, en el final de Sonic Colors Eggman comenta que ya tiene planeada su venganza contra Sonic. También, que no se le ha vuelto a ver desde aquel incidente.
En el manga se insinúa que algo ha cambiado en el pasado, algo que está haciendo que las cosas vayan mal con la línea espacio-temporal , siendo esta devorada y destruida.

El autor del post teoriza que la desaparición de Eggman podría tener relación con estos sucesos. Insinúa que el Time Eater podría ser una creación de Eggman que se volvió contra él en el último minuto, borrándole de la existencia antes de que pudiera hacer uso de sus habilidades, o incluso, que podría haberse fusionado con él.

Esta teoría viene a raiz de que en el manga, este enemigo no se llega a ver en ningún momento, pero parece atacar insistentemente a Sonic. Este sí llega a verle (pero no el lector) y el erizo parece muy sorprendido de su identidad, exclamando "Pero si es...!" , sin llegar a decir el nombre.

Por esta razón este usuario de Gamespot teoriza que Eggman podría ser el Time Eater, y lo apoya con el hecho de que aún no se haya visto ninguna imagen ni información, ni siquiera en los datos extraídos de la demo, de Eggman moderno.